缺乏技术支撑。环境容量的科学测定是排污权交易的前提，但由于缺乏大量的跟踪监测数据、长期的积累以及先进的环境检测手段与经验，我国目前尚难以准确掌握污染物的转移规律。准确完整的排污信息是核算、监管企业排污许可的重要依据，安装在线自动监测网（CEMS系统）是保证排污交易中计量准确性的重要手段，但该检测手段最近几年仅在个别省市普及，大多数地区仍采用定期检测排污口污染物浓度的方法统计排污信息，这导致了较长时间段内连续统一的排污监测数据的缺乏，使得企业真实的排污量难以准确核算，影响了排污权交易的开展。

　　制度建设不完善。专门立法的缺失是排污权交易制度面临的首要瓶颈。现有排污权交易方面的规范都是地方性法规，立法层级较低，且缺乏可操作性。总量控制目标与实际环境容量存在矛盾，当经济增长与环境保护之间的矛盾突出时，排污总量的确定往往会成为排污权交易的难点。节能减排目标的设置存在问题。有的企业在实现了减排目标之后，已经没有足够余量进行排污权交易；有的行业却几乎所有的企业都有剩余指标，导致市场需求缺乏，同样无法进行交易。环境区域与行政辖区存在矛盾。现有排污指标是按照行政区划分配的，地方政府出于发展本地经济的考虑，不愿意向非本地单位出售排污权指标，但大气、水体污染治理等都离不开跨区域的环境合作，这导致排污权交易不顺畅。

　　交易市场不活跃。行政干预阻碍了市场定价机制的建立。目前我国开展的排污权交易大多是在政府牵头搭线的基础上完成的，或者以政府拍卖排污指标的方式进行，真正的二级交易市场并不成熟，这种行政介入方式在一定程度上阻碍了市场定价机制的建立。排污权交易不规范。目前我国缺乏一套健全统一的排污权交易制度，尤其是在初始指标分配、排污权定价、交易监管等方面存在诸多问题。此外，由于目前排污权交易信息搜集成本和监管费用过高、交易时间过长，从而降低了交易效率，导致政府虽大力推进而市场交易量少。